Si vous voulez héberger sur un même serveur des sites tournant sous les versions 1.1 et 2.0, vous allez vite vous rendre compte que ça ne marche pas.
Du moins, sans configuration préalable.

En effet, après le (re)démarrage de votre serveur, si vous lancez une application en .net 1.1, celle-ci fonctionnera correctement, mais si vous essayez à présent d'ouvrir une application en 2.0, c'est le drame, vous vous retrouvez avec le message suivant : "Service Unavailable" (en gros caractères rouge... stressant )... Je vous rassure, si vous faites l'inverserse (.net 2.0, puis .net 1.1), le résultat sera le même.

Après quelques minutes (heures ?) de recherches, j'ai trouvé LA solution (désolé j'ai perdu l'url ) : il suffit tout simplement de créer un pool d'applications pour les applications de chaque framework. Puis repassez dans la configuration de chaque application (et dossiers virtuels  ) pour y sélectionner le bon pool (onglet Directory). 
Et là, vous entrez dans "Que du Bonheur Land"... vous pouvez maintenant utiliser à la fois SharePoint et vos sites en asp.net 2.