Pour ceux qui n'aurait pas suivi, voici une solution suite à ce post
J'ai bien tourné en rond sur le net quelques heures et j'ai trouvé la solution ici :

http://telflash.free.fr/securite/

Le fichier test.js doit être EXTERNE à la page HTML, si vous le recopier dans la page, ça ne MARCHERA pas.

Le code est livré tel quel, c'est un peu cafoui.... mais au niveau de l'utilisation de l'objet on s'en tire mieux :

[script type="text/javascript"]
var fo = new FlashObject("test.swf", "fotester", "550", "400", "5", "#ffffff");
fo.write("flashcontent"); //flashcontent est l'id d'un div déja créé dans la page
[/script]

Voici la mini doc pour utiliser le constructeur :

swf - The file path and name to your swf file.
id - The ID of your object or embed tag. The embed tag will also have this value set as it's name attribute for files that take advantage of swliveconnect.
width - The width of your Flash movie.
height - The height of your Flash movie.
version - The required player version for your Flash content. This can be a string in the format of 'majorVersion.minorVersion.revision'. An example would be: "6.0.65". Or you can just require the major version, such as "6".
background color - This is the hex value of the background color of your Flash movie.

Je suis plutôt content, enfin une solution qui marche même si j'aurai aimé un code un peu plus concis et commenté, ça reste TRES utile pour ceux qui sont un peu dans le caca ces derniers temps suite à la mise à jour d'IE (et qui n'ont pas le temps de jouer avec JS pour ma part)