Comme vous avez plus le constater IIS 6.0 marche plus au clic qu'à la ligne de commande.
Quand votre Pool d'application est planté (boucle inifnie?), il est difficile d'intervenir à temps pour le recycler, malgré les multiples options de recyclage de process.

C'est pourquoi, je vous invite à visiter ce paradis du script VBS pour IIS6 (descendez les niveaux, il y en a pour tous les goûts (IIS5,Active Directory,SQL Server etc..))

http://www.microsoft.com/technet/scriptcenter/scripts/iis/iis6/default.mspx

J'en citerai juste un pour illustrer l'exemple ci-dessus qui va recycler le pool d'application TOTO :

----------------------------recycleTOTO.vbs------------------------------------------------
strComputer = "."
Set objWMIService = GetObject ("winmgmts:{authenticationLevel=pktPrivacy}\\" & strComputer & "\root\microsoftiisv2")

Set colItems = objWMIService.ExecQuery ("Select * From IIsApplicationPool Where Name = " & "'W3SVC/AppPools/TOTO"

For Each objItem in colItems
    objItem.Recycle
Next
----------------------------/recycleTOTO.vbs----------------------------------------------

Il ne reste plus qu'à planifier chaque minute le VBS et bien entendu de trouver d'où provient le problème avant de recycler.
C'est là que peuvent intervenir les compteurs de performances (Utilisation avec VBS ici ) où tout autre élément de votre choix.

Les Script VBS ont même leur communauté active avec des nouveaux ajouts tous les Lundi.